Você é um(a) bioinformata com mais de 2 anos de experiência, alta autonomia, capacidade de liderar soluções complexas e maturidade técnica para tomar decisões informadas em ambientes computacionais de alto desempenho com responsabilidade? Consegue navegar entre desafios intrincados, propor caminhos e construir soluções robustas que serão utilizadas como referência em um projeto genômico de escala nacional? Esta posição pode ser para você.
O Centro de Integração de Dados e
Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata
Pleno para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos
do Programa Genomas Brasil, integrando e curando dados genômicos,
fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS.
Sua atuação será estratégica: você definirá arquiteturas, implementará e validará pipelines modernos em HPC, estabelecerá padrões de qualidade para sequências e metadados, e liderará a publicação de catálogos, ontologias e esquemas de versionamento e reprodutibilidade — seguindo padrões GA4GH e melhores práticas globais.
A vaga é exclusivamente PRESENCIAL, na sede do CIDACS localizada no Parque Tecnológico da Bahia – Edifício Tecnocentro, Rua Mundo 121, Trobogy.
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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:
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FORMAÇÃO:
- Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.
EXPERIÊNCIA:
- Mínimo de três anos de experiência em
bioinformática, acadêmica ou profissional, com atuação prática no
processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS.
- Experiência consistente na implementação, execução,
manutenção ou otimização de pipelines reprodutíveis.
- Experiência em projetos de genômica humana com
responsabilidade direta pela execução de análises, investigação de
problemas e interpretação dos resultados gerados.
HABILIDADE TÉCNICAS:
- Experiência prática com Nextflow, incluindo
desenvolvimento, execução e troubleshooting de pipelines.
- Experiência sólida em Linux e Shell Script.
- Experiência prática em ambientes HPC, incluindo
SLURM, submissão e monitoramento de jobs, alocação de recursos, filas,
logs e armazenamento compartilhado.
- Conhecimento prático de fluxos de processamento de
dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento,
processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes.
- Familiaridade prática com ferramentas amplamente
utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard,
ou ferramentas equivalentes.
- Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e
gVCF, incluindo compreensão dos principais resultados e métricas gerados
durante o processamento.
- Experiência com containers, como Docker e
Singularity/Apptainer.
- Experiência com Git e controle de versão.
Esta é uma posição de nível pleno
e requer experiência prática prévia em Bioinformática e Genômica Humana.
Buscamos profissionais que já tenham utilizado essas tecnologias em projetos
reais e tenham autonomia para executar análises, investigar problemas e
compreender seus resultados. Experiência exclusivamente obtida em cursos,
treinamentos ou execuções pontuais não é suficiente para a posição.
HABILIDADE INTERPESSOAIS:
- Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.
- Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.
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DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS:
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- Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS.
- Experiência com análise de variantes germinativas
e/ou somáticas.
- Experiência com pipelines nf-core.
- Experiência com padrões GA4GH, especialmente DUO e
Phenopackets.
- Experiência com dados fenotípicos e clínicos,
REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM.
- Experiência com processamento em GPU e NVIDIA
Parabricks.
- Inglês intermediário.
OUTRAS QUALIFICAÇÕES:
- Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).
- Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.
- Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.
- Inglês intermediário
DIFERENCIAIS:
- Mestrado ou doutorado em Bioinformática, Genética,
Genômica ou áreas correlatas.
- Publicações científicas relevantes em genômica ou
bioinformática.
- Experiência prévia em projetos nacionais,
multicêntricos ou de grande escala.
- Experiência com CI/CD e boas práticas de engenharia
de software.
- Desenvolver, adaptar e executar pipelines de
bioinformática para processamento de dados genômicos humanos, incluindo
pré-processamento, alinhamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de
variantes, utilizando Nextflow, containers e boas práticas de
reprodutibilidade.
- Realizar controle de qualidade e curadoria de dados
genômicos humanos, avaliando métricas e resultados de FASTQ, BAM/CRAM e
VCF, identificando inconsistências e apoiando a definição de critérios de
qualidade.
- Automatizar processos de processamento, ingestão e
curadoria, buscando eficiência, padronização, rastreabilidade e execução
em escala em ambientes HPC.
- Investigar e solucionar problemas técnicos
relacionados a pipelines, ferramentas, execução em HPC, qualidade dos
dados e resultados das análises.
- Elaborar e manter documentação técnica e
procedimentos operacionais, garantindo reprodutibilidade, rastreabilidade,
governança e continuidade dos fluxos desenvolvidos.
- Colaborar na integração e harmonização de dados
genômicos, fenotípicos e clínicos no contexto do Repositório Nacional
Genômico.
SOBRE O PROJETO:
Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.
Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.
Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.
SOBRE O CIDACS:
O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.
Aqui você encontrará:
- Um ambiente acolhedor e colaborativo;
- Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;
- Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);
- Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.
Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.
Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!
Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br
